横須賀鎮守府

明治17年12月，横浜の東海鎮守府が移転改称．日本海軍の最大拠点として艦船造修・補給・人事・教育・警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

呉鎮守府

明治23年4月開庁．海軍最大の拠点のひとつとして艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

佐世保鎮守府

明治22年7月開庁．西日本の防衛と大陸への進出拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．終戦直前には特攻戦隊を始め多くの実施部隊を隷下に入れた．昭和20年11月終戦で廃止．

舞鶴鎮守府/要港部

明治34年10月開庁．日本海側の最大拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．大正12年軍縮により要港部に格下げ．昭和14年鎮守府に昇格．昭和20年11月終戦で廃止．

馬公警備府→高雄要港部/警備府

昭和18年4月，馬公警備府が高雄に移転して設立．20年4月，司令部は台北に移動．終戦時には第29航空戦隊や高雄方面根拠地隊，第6燃料廠などを指揮下に入れていた．終戦で廃止．

大湊要港部/警備府

明治38年12月，大湊水雷団が要港部に昇格．昭和16年11月警備府に昇格．北方警備の拠点として艦船造修，補給，人事，教育，警備などを行った．昭和20年11月終戦で廃止．

旅順口鎮守府→旅順鎮守府→旅順要港部→旅順警備府→旅順方面特別根拠地隊

日露戦争で占領後に設置された旅順口鎮守府をルーツとし，昭和17年1月に編成．旅順港の警備や満州国海上警察隊と協力して対潜警備や軍需品の輸送にあたった．20年8月21日ソ連軍が侵入．多くが捕虜となりシベリアに抑留された．

鎮海要港部/警備府

明治37年1月巨済島に設置された仮根拠地防備隊をルーツとし，40年防備隊に改称．大正5年4月要港部に昇格．昭和16年11月警備府に昇格．17年1月特別根拠地隊を設置．終戦で廃止．

阪神海軍部→大阪警備府

昭和15年3月大阪市に設置．16年11月警備府に改編．警備区の防御・警備などを担当．20年11月廃止．以後大阪地方復員局として終戦業務に当たった．

第4根拠地隊（初代）→海南島根拠地隊→海南警備府

昭和14年1月海南島で編成．第5艦隊隷下．11月海南根拠地隊に改編．第2遣支艦隊附属．16年4月南方進攻の基地として重視され警備府に昇格．三亜に司令部を置き海南島の維持警備・軍政を行った．終戦で廃止．