第1船舶輸送司令部(初代)→船舶輸送司令部→船舶司令部

昭和12年8月支那事変に伴い第1船舶輸送司令部（初代）を宇品に設置．15年6月同司令部復帰と共に船舶輸送司令部を臨時編成．17年7月船舶司令部に改編．軍司令部と同格となる．終戦で廃止．

船舶兵団司令部→教育船舶兵団司令部

昭和17年7月船舶司令部において編成完結．船舶工兵連隊の教育訓練を実施．11月ラバウルへ進出，ソロモン・ニューギニア方面の船舶諸作戦を指揮．18年3月セブ島に転進，消耗した船舶部隊の部隊再建と教育訓練に従事．19年3月宇品に帰還．10月教育船舶兵団司令部に改編．終戦で廃止．

第1船舶輸送司令部(初代)→船舶輸送司令部→船舶司令部

昭和12年8月支那事変に伴い第1船舶輸送司令部（初代）を宇品に設置．15年6月同司令部復帰と共に船舶輸送司令部を臨時編成．17年7月船舶司令部に改編．軍司令部と同格となる．終戦で廃止．

第1船舶輸送司令部

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第2船舶輸送司令部

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第3船舶輸送司令部

昭和18年8月昭南で編成完結．仏印・ボルネオ・馬来・スマトラ・スラバヤ・ビルマ・フィリピン・パラオなど各地に支部を置き南方船舶作戦に参加．19年5月マニラ，12月サイゴンに転進．20年3月昭南に転進．以後昭南防衛も担当した．終戦で廃止．

第4船舶輸送司令部

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第5船舶輸送司令部

昭和18年12月マニラで編成完結．ダバオで第2方面軍関係の船舶作戦に参加．19年4月1日第3船舶輸送司令部のマニラ転進に伴い，ダバオで復帰．要員は第3船舶輸送司令部に編入．同月30日小樽にて第2次編成完結．北方方面の船舶作戦に参加．終戦で廃止．

第7船舶輸送司令部

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第1船舶団司令部

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第2船舶団司令部

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第3船舶団司令部

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